Документи фонду складаються з кількох типів справ.

1. Фільтраційні справи (51531 справа). Фільтраційна справа є комплексом документів, що становить особову справу депортованого з Німеччини: протоколи допитів, опитувальні листи, анкети, листування з приводу отримання інформації про життя та діяльність депортованого. Серед вивезених на примусові роботи до Німеччини були і євреї – підлітки, юнаки і дівчата, які за допомогою підробних документів, під іншими прізвищами врятувалися від акцій знищення єврейського населення і потрапили на територію Рейху. Виявлено 38 фільтраційних справ євреїв, вивезених до Німеччини і повернутих до Вінницької області.

2. Обліково-фільтраційні справи на колишніх радянських військовополонених і трофейні картки на них (267 справ). Дозволяють простежити долю військовополонених євреїв, які на запитання слідства мали описувати обставини їхнього полонення, перебування у таборах для полонених та подальшу долю. Виявлено 26 таких справ на військовополонених-євреїв.

3. Архівно-слідчі справи на громадян, притягнутих до кримінальної відповідальності за пособництво нацистам (26183 справи). Містять відомості про осіб – пособників нацистів, винних у винищенні єврейського населення, та конкретні обставини переселення євреїв у гетто, пограбування їхнього майна, етапування їх до місця збору, а потім до місця проведення акцій знищення, участі колаборантів у розстрілах. До цієї групи також відносяться архівно-слідчі справи на колаборантів з середовища єврейського населення; місцевого і депортованого на територію Трансністрії з Північної Буковини, Бессарабії та повіту Дорохой (Румунія). Як правило, це були особи, призначені румунською владою виконувати обов’язки начальників єврейських общин, гетто, робітничих таборів. Деякі з фігурантів справ працювали в єврейській поліції. Архівно-слідчі справи на пособників нацистів з єврейського середовища можна поділити на дві частини: (1) документи щодо дійсних пособників нацистів, що скоїли злочини проти євреїв, які утримувалися в гетто і робітничих таборах, та (2) на документи, що стосуються єврейських керівників (общин, гетто), які своєю діяльністю сприяли виживанню, покращанню соціального життя в гетто Трансністрії, проте підозрювалися радянською владою в пособництві румунській окупаційній владі.

4. Трофейні німецькі документи (10 справ). Зокрема, містять інформацію про окупаційний режим в німецькій зоні окупації Вінницької області, обумовлений будівництвом і функціонуванням у передмісті Вінниці ставки Гітлера “Вервольф”. До більшості німецьких документів є переклад на російську. Основу трофейних німецьких матеріалів становлять донесення військових чиновників охоронної групи таємної польової поліції “ОСТ”, рапорти, листування, які в німецькому діловодстві оформлені як додатки до “Військового щоденника”. Найбільш численною групою трофейних документів є накази, розпорядження, донесення, рапорти керівників та військових чиновників охоронної групи таємної польової поліції “ОСТ” в районі ставки Гітлера, листування з начальником Імперської служби безпеки оберфюрером СС Раттенхубером, поліцією безпеки і СД у Вінниці, поліцією безпеки і СД у Житомирі, жандармськими постами в охоронній зоні, вінницьким гебітскомісаріатом, міською тюрмою, пересильним табором у Вінниці, вінницьким єврейським робітничим табором (штатлаг 329), військовим трибуналом польової комендатури 675 у Вінниці.