Seit seiner Gründung im Jahr 1995 bemüht sich das Fritz Bauer Institut darum, Dokumente zu seinem Namensgeber, dem hessischen Generalstaatsanwalt Fritz Bauer (1903-1968), zusammenzutragen. Gemäß seinem Wunsch wurde nach Bauers Tod seine Hinterlassenschaft unter seinen Verwandten und Freunden verteilt. Unglücklicherweise gingen dabei große Teile des schriftlichen Nachlasses - insbesondere Bauers private Korrespondenz - unwiederbringlich verloren. Davon ausgenommen waren diejenigen Unterlagen, die Bauers Testamentsvollstrecker erhielt. Sie bilden den Kern der jetzigen Sammlung des Fritz Bauer Instituts.

Bauers Testamentsvollstrecker bot die von ihm aufbewahrten Unterlagen im Jahr 1996 dem gerade neu gegründeten Studien- und Dokumentationszentrum als Schenkung an. Seitdem wird die als Nachlass geführte Sammlung im Zuge von Forschungsprojekten sowie der gezielten Akquise neuer Dokumente laufend erweitert. Eine wichtige Ergänzung erhielt der Bestand etwa im Jahr 2014 durch die Briefe Fritz Bauers an Thomas Harlan, die dem Institut durch den Nachlassverwalter Harlans vermacht wurden. Aber auch Materialien aus dem Umfeld Bauers finden Eingang in den Nachlass, etwa eine umfangreiche Dokumentation der zeitgenössischen Presseberichterstattung an seinen Wirkungsorten Braunschweig und Frankfurt am Main. Im Herbst 2017 übereigneten Bauers Testamentsvollstrecker und in den Jahren 2017, 2018 und 2021 seine Patentochter dem Fritz Bauer Institut weitere Materialien aus dem Nachlass Bauers. Durch diese Schenkungen konnte unter anderem die wertvolle Privatbibliothek Bauers zu Teilen rekonstruiert werden. Dies ist insofern besonders bedeutsam, als Bauer seine Gedanken während der Lektüre immer unmittelbar in den jeweiligen Werken festhielt und sich auf diese Weise die Genese einzelner Ideen nachvollziehen lässt.

Der Nachlass Fritz Bauer umfasst nach Erschließung, Entmetallisierung und Umbettung 147 Akteneinheiten und Objekte mit einem Umfang von insgesamt 10,50 lfd. m. Aufgrund seiner Entstehungsgeschichte besaß der Bestand bei seiner Ersterschließung keine innere Ordnung, weshalb bei der Verzeichnung durch den Bearbeiter Johannes Beermann-Schön im November und Dezember 2016 sowie im Dezember 2017 und Januar 2018 eine komplette Neuordnung geschaffen werden musste. Sie orientiert sich zwar begrifflich an den "Regeln zur Erschließung von Nachlässen und Autographen" (RNA), weicht aber inhaltlich von diesen ab. So ist etwa die Kategorie "Lebensdokumente" nicht im eigentlichen Sinne der RNA zu verstehen, da es sich nicht ausschließlich um originale "Materialien der beruflichen und privaten Lebensführung des Bestandsbildners" handelt, sondern auch um Reproduktionen derselben, die aus verschiedenen Fremdarchiven zusammengetragen worden sind.

Der Gesamtbestand gliedert sich in die fünf Teilbereiche "Werk", "Korrespondenzen", "Lebensdokumente", "Sammlungen" und "Realia". Der Bereich "Werk" umfasst handschriftliche Notizen Fritz Bauers zum Strafvollzug der Zukunft, Typoskripte zu unterschiedlichsten Themen sowie eine Sammlung ausgewählter Publikationen.

Im Bereich "Korrespondenzen" finden sich vor allem die Briefe Bauers an Thomas Harlan aus den Jahren 1962-1968, die das Fritz Bauer Institut im Jahr 2015 vollständig ediert hat (Werner Renz (Hrsg.): "Von Gott und der Welt verlassen". Fritz Bauers Briefe an Thomas Harlan (Wissenschaftliche Reihe des Fritz Bauer Instituts, Bd. 25), Frankfurt am Main, New York 2015.). Ergänzt wird dieser Teilbereich durch Korrespondenz, die sich in den durch Bauers Testamentsvollstrecker aufbewahrten Unterlagen befand. Zum Teil handelt es sich dabei um Briefe, die als Lesezeichen [?] in verschiedene Bücher aus Bauers Arbeits- und Privatbibliothek eingeschoben waren.

Der Bereich "Lebensdokumente" umfasst neben diversen Zeugnissen und Urkunden Bauers zunächst Materialien zu seiner Mitarbeit in der Redaktion des Editionsprojekts "Justiz und NS-Verbrechen. Die deutschen Strafverfahren wegen NS-Tötungsverbrechen". Des Weiteren finden sich hier Reproduktionen von Lebensdokumenten aus verschiedenen Fremdarchiven. Da diese ursprünglich aus unterschiedlichen Forschungsprojekten des Fritz Bauer Instituts stammen, sind sie nicht einheitlich geordnet und folgen deshalb einerseits einer thematischen und andererseits einer Reihung nach Provenienz. Diese Unterlagen wurden zu Forschungszwecken des Instituts archiviert und stehen daher ausschließlich der internen Nutzung durch MitarbeiterInnen des Instituts zur Verfügung. Eine Einsichtnahme durch externe NutzerInnen ist nicht möglich. Diese kann ausnahmslos nur in den jeweiligen Ursprungsarchiven erfolgen.

Der Bereich "Sammlungen" setzt sich einerseits aus der Arbeitsbibliothek Bauers zusammen. Diese war Teil der Materialien, die sein Testamentsvollstrecker 1968 übernahm und ist nicht nur aufgrund der massenhaften persönlichen Widmungen und Grüße verschiedener Autoren interessant, sondern auch aufgrund der zahlreichen handschriftlichen Anmerkungen und Notizen, die Bauer an den Rändern der Publikationen oder auf Leer- und Rückseiten hinterließ.

Den zweiten Teil des Bereichs "Sammlungen" bilden Materialien, die das Fritz Bauer Institut im Rahmen verschiedener Forschungsprojekte zusammengestellt hat. Es handelt sich hierbei um eine umfangreiche Zeitungs- und Zeitungsausschnittsammlung zum Wirken Fritz Bauers, eine thematische Material- und Publikationssammlung zu unterschiedlichen Facetten seines Lebens sowie um Akten betreffend ausgewählte Veranstaltungen des Fritz Bauer Instituts zu seinem Namensgeber. Wie im Bereich "Lebensdokumente" sind einige Archiveinheiten des Bereichs "Sammlungen" für die externe Nutzung nicht zugänglich.

Im Bereich "Realia" finden sich verschiedene Gegenstände aus dem Nachlass Bauers, u.a. seine Totenmaske, seine Amtsrobe, ein Aschenbecher und ein 6teiliges Teeservice.