Po nacių sukurstytų pogromų nuo 1941 m. liepos mėnesio prasidėjo sistemingi žydų šaudymai Kauno fortuose, tapusiuose mirties lageriais. Miestą juosė devyni XIX a. pabaigoje pastatyti fortai. Po Pirmojo pasaulinio karo netekę strateginės reikšmės jie daug metų stovėjo tušti, vėliau tarnavo atsikuriančiai Lietuvos Respublikos kariuomenei, buvo naudojami įvairiems visuomeniniams tikslams. IX fortas tarpukariu buvo paverstas kalėjimu.
Žydų žudynėse Kauno fortuose dalyvavo 1-oji ir 3-oji TDA (Tautos darbo apsaugos) bataliono kuopos (vad. leitenantai Bronius Norkus, Juozas Barzda, Anatolijus Dagys. TDA bataliono vadas plk. Andrius Butkūnas). Taip pat dalyvavo vokiečių gestapininkai.
Pirmasis fortas, kuriame prasidėjo masinis žydų naikinimas (1941 m. birželio pab. – liepos pr.), buvo VII fortas. Aukų skaičius siekė per 3000. Po to žudynės vyko IV forte (1941 m. rugpjūtis – rugsėjis), o nuo 1941 m. rugsėjo 26 d. buvo žudoma tik IX forte. Spalio 4 d. buvo sušaudytos Mažojo geto likvidavimo aukos – 1845 žydai, iš kurių 818 buvo vaikai. Didžiausia akcija ne tik IX forto, bet ir visos Lietuvos mastu vyko 1941 m. spalio 28 d. Tuomet buvo sušaudyta 9200 žydų (beveik trečdalis bendruomenės). Po to iki 1943 m. spalio mėn. masinių žydų žudynių Kaune nebuvo.
Ypatingoji valstybinė komisija vokiškųjų fašistinių grobikų bei jų bendrininkų piktadarybėms nustatyti ir ištirti 1944 m. rugpjūčio mėn. nustatė, kad IX forte buvo nužudyta apie 50 tūkst. žmonių, iš kurių didžioji dauguma buvo Lietuvos žydai, apie 10 tūkst. – iš kitų Europos valstybių (Austrijos, Vokietijos ir Prancūzijos) atvežti žydų tautybės žmonės. Kai kurie Lietuvos istorikai mano, kad šis skaičius yra mažesnis.