Iki Antrojo pasaulinio karo Lietuvoje gyveno apie 220 000 žydų. Beveik kiekviename miestelyje ar gyvenvietėje buvo įsikūrusi žydų bendruomenė.
1941 m. vasarą ir rudenį Lietuva tapo pirmuoju nacių sumanyto vykdyti genocido – totalinio Europos žydų fizinio naikinimo – bandomuoju lauku. Per šį laikotarpį buvo išžudyta apie 80 procentų Lietuvos žydų. Provincijos žydai, pagal nacių nurodymus, lydimi vietinių policininkų, kalėjimo tarnautojų, buvusių baltaraiščių ir savanorių sugulė apie 250-yje masinių žudynių vietų šalia savo namų – duobėse, miškuose, senose žydų kapinėse ir laukuose. Viskas vyko organizuotai ir operatyviai, pagal numatytą planą: žydų identifikavimas, izoliavimas, žudymas. Getai, o kartais tik laikinos izoliacijos vietos, buvo kuriami visuose Lietuvos valsčiuose nuo 1941 m. liepos mėn. iki spalio mėn. pradžios, kai buvo priimtas sprendimas likviduoti žydus provincijoje.
Vokiečių saugumo policijos ir SD vado SS standartenführerio K. Jägerio 1941 m. gruodžio 1 d. ataskaita apie įvykdytas žudynes Lietuvoje, SS brigadeführerio F. W. Stahleckerio raportas apie operatyvinės grupės A veiklos metodus ir rezultatus, policijos departamento direktoriaus Vytauto Reivyčio aplinkraštis policijos viršininkams suimti žydų tautybės asmenis ir perduoti juos vokiečiams bei policijos nuovadų viršininkų atsakymai apie šio įsakymo vykdymą, kiti archyviniai dokumentai yra svarbiausi šaltiniai apie Lietuvos ir kitų šalių žydų bendruomenių sunaikinimo eigą.
Lietuvos žydų sunaikinimo programos branduolį sudarė intensyvus provincijos žydų bendruomenės naikinimas iki 1941 m. rudens pabaigos. Maždaug 120 000 žydų buvo nužudyti per 4 savaičių laikotarpį (1941 m. rugpjūčio pab.–rugsėjo pab.). Žudynės kulminaciją pasiekė 1941 m. spalio 29 d., kai naciai ir jų vietiniai pagalbininkai Kauno IX forte sušaudė beveik 10 000 Lietuvos žydų. SS pareigūno, vokiečių saugumo policijos ir SD vado Lietuvoje K. Jägerio 1941 m. gruodžio 1 d. raporte nurodyta, kad nuo 1941 m. liepos 4 d. jo nurodymu „skrajojantis“ SS obersturmführerio Joachimo Hamanno būrys kartu su vietiniais talkininkais Lietuvoje sušaudė 137 346 žmones (iš kurių – 9 585 asmenis Daugpilyje ir 3 050 asmenų Minske).
Pagal K. Jägerio raportą, Lietuvos provincijoje (išskyrus didžiuosius miestus – Vilnių, Kauną, Šiaulius ir Panevėžį) 1941 m. buvo nužudyti 65967 žydai. Tačiau į K. Jägerio raportą neįtrauktos Kretingos, Mažeikių, Telšių, Tauragės, Vilkaviškio (išskyrus 1941 m. lapkričio 15 d.) ir Šiaulių apskrities (išskyrus 1941 m. rugpjūčio 27 d. Joniškio ir 1941 m. spalio 2 d. Žagarės) žydų žudynės.
Dauguma K. Jägerio ataskaitoje sušaudytųjų yra žydai, tačiau čia taip pat yra duomenų apie sušaudytus lietuvius, komunistus (lietuvius, lenkus, rusus), karo belaisvius, romų tautybės asmenis.