Prieš Antrąjį pasaulinį karą Vilniuje gyveno apie 57 tūkstančiai žydų. 1941 m. birželio 24 d. Vilnių užėmė vokiečiai. 1941 m. rugpjūčio pabaigoje miesto komendantas H. Hingstas gavo Ostlando reicho komisaro H. Lohses nurodymą įsteigti getą toje miesto dalyje, kurioje gyveno daugiausiai žydų. Nutartą getą steigti senamiestyje. Žydai į getą perkelti 1941 m. rugsėjo 6 d.
Vilniaus žydai buvo apgyvendinti dviejuose getuose: Mažajame (Antokolskio ir Žydų gatvės, dalis Gaono ir Stiklių gatvių) ir Didžiajame (Ašmenos, Dysnos, Ligoninės, Mėsinių, Rūdninkų, Strašuno, Šiaulių gatvės, dalis vienos pusės Arklių, Karmelitų, Lydos ir Pylimo gatvių). Į Didijį getą suvaryta apie 29 tūkstančiai, į Mažąjį – apie 9 tūkstančiai žmonių. Gyventojų pertekliaus problemą naciai „sprendė“ masinėmis žudynėmis, stengiantis palikti gete tik darbingus žydus, o kitus sunaikinti.
Pirmoji akcija gete surengta rugsėjo 15 d. Tuomet suimti žydai buvo sušaudyti rugsėjo 17 d. – 1271 aukos. Kita akcija gete įvykdyta spalio 1 d. per Jom Kipur dieną. Jos metu suimta apie 2000-2300 žydų, kurie po kelių dienų sušaudyti Paneriuose. Visą spalio mėnesį gete vyko įvairios akcijos. Paskutinė buvo spalio 30 d., po jos Mažasis getas buvo likviduotas ir Vilniuje liko tik vienas – Didysis getas. Akcijos tęsėsi toliau lapkričio bei gruodžio mėnesiais. Taigi 1941 m. gruodžio pabaigoje Vilniaus gete liko tik pusė jo gyventojų - apie 20 tūkstančių. Iš viso nuo okupacijos pradžios iki 1941 m. pabaigos nužudyta apie 33-34 tūkstančius Viniaus žydų.
Po masinių šaudymų gete 1941 m. gete prasidėjo vadinamasis stabilizacijos laikotarpis trukęs iki 1943 m. kovo mėn.
Įsteigus Vilniaus getą buvo įsteigta ir geto savivaldos institucija Žydų taryba (ją sudarė 5 žmonės). Tarybai buvo pavaldūs įvairūs skyriai – darbo, sveikatos apsaugos, socialinio aprūpinimo, maisto, butų, geto policija, teismas, paštas, mokyklos, ligoninė, vaistinė, dirbtuvės, pirtys, kirpyklos, biblioteka, teatras ir t.t. 1943 m. rugpjūčio mėn. geto administracijoje, išskyrus geto policiją, iš viso dirbo 888 asmenys. Geto policija oficialiai buvo pavaldi Žydų tarybai, tačiau ilgaainiui geto policijos viršininko J. Genso įtaka ir galia pranoko Žydų tarybos valdžią. 1942 m. liepos 12 d. Vilniaus miesto komisaro sprendimu Žydų taryba buvo paleista ir vienvaldžiu geto vadovu paskirtas J. Gensas.
Vilniaus geto stabilizacijos laikotarpis baigėsi 1943 m. balandžio mėn. kai dalis Švenčionių, Ašmenos ir kitų Rytų Lietuvos miestelių žydai buvo perkelti į Vilniaus getą, o kiti buvo sušaudyti Paneriuose. 1943 m. vasarą atėjo eilė Vilniaus geto stovyklų likvidavimui. Laipsniška paties geto likvidacija pradėta 1943 m. rugpjūčio mėn. palaipsniui kalinius perkeliant į nacių koncentracijos stovyklas Latvijoje ir Estijoje. Per akcijas rugpjūčio mėnesį išvežta apie 10-11 tūkstančių žmonių, gete liko apie 10-12 tūkstančių kalinių. 1943 m. rugsėjo 23 d. prasidėjo galutinis Vilniaus geto likvidavimo etapas. Dauguma suimtųjų moterų ir vaikų išvežti į Vokietijos koncentracijos stovyklas, keli šimtai sušaudyti Paneriuose, likusieji darbingi vyrai ir moterys išvežti į Estiją ir Latviją.