1943 m. birželio 21 d. H. Himmleris įsakė likviduoti visus Ostlando teritorijoje esančius getus. Darbingi žydai turėjo būti perkelti į SS valdomas koncentracijos stovyklas. Vilniaus geto darbo stovyklos pradėtos likviduoti tuoj pat. Patį getą laipsniškai likviduoti pradėta 1943 m. rugpjūčio mėn. Gestapas pranešė, jog Vilniaus geto kaliniai bus perkelti į Estiją ir Latviją. Buvo įvykdytos 3 vežimo akcijos, kurių metu į Vaivaros ir kitas nacių koncentracijos stovyklas Estijoje buvo išgabenta apie 9200– 11700 žydų. Gete liko apie 10000–12000 kalinių.
1943 m. rugsėjo 23 d. prasidėjo galutinis Vilniaus geto likvidavimo etapas. Vyrai buvo siunčiami į nacių stovyklas Estijoje, jaunos moterys – į nacių koncentracijos stovyklą Kaizervalde, Latvijoje, kiti –į Aušvicą, Treblinką ir pan. Dalis kalinių – seneliai ir vaikai – sušaudyti Paneriuose.
1943 m. spalį Kauną pavertus koncentracijos stovykla, dalis kalinamų žydų buvo išsiųsti į nacių koncentracijos stovyklas dirbti skalūnų kasyklose Estijoje, darbui netinkami žydai (seneliai, ligoniai ir mažamečiai vaikai) sunaikinti.
1944 m. vasarą Estijoje pradėta likviduoti nacių koncentracijos stovyklas. Dalis kalinių buvo siunčiama į Štuthofo koncentracijos stovyklą ir stovyklas Rytprūsiuose. Dauguma kalinių ten žuvo. 1944 m. liepos mėn. buvo išžudyti visi Kivolio stovyklos seneliai ir ligoniai. Prieš tai buvo likviduota Eredos stovykla. 1944 m. rugsėjo 19 d. Kloogos stovyklos kaliniai pradėti šaudyti. Pasak liudytojų parodymų, ten buvo nužudyta apie 2500 kalinių. Aukų lavonai buvo sudeginti keliuose dideliuose laužuose. Išsigelbėjo tik 82 kaliniai.