1941 m. birželio 22 d. prasidėjus karui, sovietinė kariuomenė traukėsi į Sovietų Sąjungos gilumą. Vokiečių kariuomenė Vilnių užėmė 1941 m. birželio 24 d. rytą. Tą pačią dieną ėmė veikti Vilniaus miesto ir srities piliečių komitetas (pirmininkas Vilniaus universiteto doc. Stasys Žakevičius). Birželio 25 d. komitetas kartu su Vilniaus miesto vokiečių komendantu plk. ltn. Karlu von Ostmanu pasirašė įsakymą dėl karo padėties įvedimo Vilniuje. Vidaus reikalų valdytojui Kostui Kalendrai buvo paskirta organizuoti savivaldybes ir policiją Vilniaus srityje (Vilniaus, Švenčionių ir Trakų apskrityse).
Vilniaus miesto policijos vadu buvo paskirtas Antanas Iškauskas. Mieste vyko žiaurūs ginkluoti pogromai, lietuvių baltaraiščių siautėjimai prieš komunistus ir žydus, smurtas, patyčios ir suėmimai. 1941 m. birželio 26 d., vadovaujantis Vilniaus miesto karo vado K. von Ostmano įsakymu Nr. 1 viešajai tvarkai Vilniaus mieste užtikrinti, buvo suimti ir į Vilniaus sunkiųjų darbų kalėjimą patalpinti 60 žydų ir 20 lenkų (liepos 21 d. vokiečių pareigūnai suimtuosius žydus sušaudė Titnago g., šalia Panerių miško). Žydus kaip įkaitus naciams galėjo padėti suimti Valstybės saugumo Vilniaus apygardos, kitų lietuviškų valdžios įstaigų pareigūnai.
Iki civilinės vokiečių valdžios paskelbimo 1941 m. rugpjūčio mėn. aukščiausiaja okupacine valdžia Lietuvoje buvo karinė administracija. 1941 m. liepos mėnesį buvo leidžiami antisemitiniai įsakymai, kuriuos tuoj pat kartojo Lietuvos valdžios organai. Įsakymai buvo skelbiami oficialiuose informaciniuose vokiečių leidiniuose (pvz., Amtsblatt des Generalkommissars in Kauen) ir tapdavo viešais įstatymais.
1941 m. liepos 4 d. mieste buvo išplatintas komiteto pirmininko S. Žakevičiaus ir Vilniaus miesto policijos vado A. Iškausko pasirašytas skelbimas, pagal kurį, remiantis vokiečių komendanto K. von Ostmano 1941 m. liepos 3 d. įsakymu, visi žydai privalėjo ant krūtinės ir nugaros nešioti skiriamuosius ženklus – geltonos medžiagos skritulius su raide „J“ (Jude), ir įsigaliojo draudimas vaikščioti gatvėse nuo 18 val. iki 6 val. Žydus diskriminuojančių įsakymų ir nurodymų gausėjo – liepos 5 d. žydams apribotas maisto produktų pirkimas, uždrausta gydytis pas gydytojus nežydus ir bendrosiose ligoninėse, buvo konfiskuojamos transport priemonės. Gyvenimas žydams kiekvieną dieną darėsi vis sunkesnis. Vokiečių pareigūnai, gestapininkai, lietuvių policininkai ir Ypatingojo būrio nariai be jokios priežasties suiminėjo žydus gatvėje ir namuose.